兽类
轿子山自然保护区共录有兽类7目、17科、24属、25种。在收录的25种兽类中，属国家I级保护动物的有1种，属国家Ⅱ级保护动物的有6种。
| 种名 | 国家级 |
| 林麝 | 一级 |
| 穿山甲 | 二级 |
| 青鼬 | 二级 |
| 水獭 | 二级 |
| 小灵猫 | 二级 |
| 鬣羚 | 二级 |
| 斑羚 | 二级 |
保护级别由1989年1月14日中华人民共和国林业部、农业部令第1号发布确定，其中麝科所有种2002年11月4日经国务院批准由国家二级重点保护动物升为国家一级重点保护动物。
两栖爬行类
根据张荣祖《中国动物地理》中有关中国综合自然区划，轿子山自然保护区位于云南中亚热带，其物种成分体现了亚热带物种的组成特点。此次调查共记录到两栖爬行动物共42种，其中，两栖类有21种，隶属于2目8科14属；爬行类21种，隶属于2目（亚目）7科15属。两栖类动物中有尾目（CAUDATA）蝾螈科2属2种，无尾目角蟾科4属4种，蟾蜍科1属3种，雨蛙科1属1种，蛙科2属6种，树蛙科1属2种，姬蛙科2属2种。爬行类动物中蜥蜴目鬣蜥科1属1种，壁虎科2属2种，石龙子科2属2种，蜥蜴科1属1种，脆蛇蜥科1属1种，游蛇科6属10种，蝰科2属4种。
鸟类
轿子山自然保护区共记录到鸟类62种。其中属中国野生动物保护法规定的国家Ⅱ级重点保护种类有松雀鹰(Accipiter virgatus)、大 (Buteo hemilasius)、蛇雕(Spilornis cheela)、红隼 (Falco tinnunculus)、红腹角雉(Tragopan temminckii)、白腹锦鸡（Chrysolophus amherstiae）、血雉（Ithaginis eruentus）、领角 （Otus elegans）、斑头鸺 （Glaucidium cuculoides）共9种，没有国家I 级重点保护鸟类。国家Ⅱ重点保护鸟类占轿子雪山自然保护区已知鸟类62种的14.5%，由此可见，国家规定的重点保护鸟类在轿子山自然保护区鸟类中所占比例较高。
重要鸟类：
松雀鹰(Accipiter virgatus)
大 (Buteo hemilasius)
蛇雕(Spilornis cheela)
红隼 (Falco tinnunculus)
红腹角雉(Tragopan temminckii)
白腹锦鸡（Chrysolophus amherstiae）
血雉（Ithaginis eruentus）
领角 （Otus elegans）
斑头鸺 （Glaucidium cuculoides）
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