苏丹南自古就是属于埃塞的一部分，埃塞和苏丹分别独立后，苏丹南被划给了苏丹管理。这是政治和地缘因素。
苏丹本国问题重重，包括面临的被美国经济封锁，要员通缉以及内部达尔富尔问题，让苏丹政府无暇顾及对南部的控制，苏南的部落武装发展迅速（估计有人撑腰）形成地区权力极大的格局，并通过全民投票方式脱离苏丹政府。它这样做的原因有二：
1. 经济因素，苏南盛产石油，但由于大部分炼油工业被控制在北方以及主要输出港口在苏丹政府控制之下，故经济被挟持，且苏丹政府连年的财政问题，更顾不上将石油金元分配给苏丹南政府，导致苏丹南部落的严重仇视。
2. 政治和宗教因素，苏丹南政府是由当地人推举形成的，苏丹南和乌干达、埃塞接壤，关系密切，而苏丹与埃塞俄比亚曾因相互支持对方反对派而长期不和。苏丹南信奉的是基督教和原始宗教，而苏丹北阿拉伯人信奉的是伊斯兰教，宗教矛盾突出。
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