日本著名的自然风景区多被开发为国立公园，由国家负责管理和保护，景色优美，充满了自然情趣。
阿寒国立公园--公园里有形状优雅的火山和掩映在原始森林中的三个火山湖--阿寒湖、摩周湖和屈斜路湖。其中摩周湖的湖水透明度非常高，而且经常笼罩在层层雾霭之中。
大雪山国立公园--公园内有被称为"北海道屋脊"的旭岳，还有夹在千仞绝壁之中长达24公里的层云峡，而落差达250米的羽衣瀑布更是气势雄浑，为北海道之最。
十和田八幡平国立公园--位于青森、岩手和山形三县交界处，分为南部的十和田湖和北部的八幡平高原两个风景区。春天高原上的茵茵新绿，秋天湖水边的如火丹枫都吸引着大量的游客。
陆中海岸国立公园--日本最美丽的海滨公园之一，又被称为"海上阿尔卑斯"。公园中有长达8公里高达200米的垂直断崖;海中有奇形怪状的礁石，其中蜡烛岩和潮吹穴最为有名；还有25公里长的钟乳洞"龙泉洞"。
松岛--为日本三景之一。位于宫城县仙台市，是由无数浮在海湾中长满松柏的小岛而得名。松岛湾中大部分的小岛是由海水侵蚀而成的，形成了不少隧道、拱门和洞穴。静静的蓝色海面上点缀着绿色的小岛，令人如临仙境。盘梯朝日国立公园--位于福岛县和山形仙之间。1888年盘梯山大爆发，在由火山灰堆积而成的高原上，形成了众多明镜般的湖泊上信越高原国立公园--位于长野、群马和新泻三县交界处。境内的轻井泽为日本最著名的避暑胜地。万座温泉和草津温泉是日本著名的温泉。浅间山也是日本最著名的活火山之一，终年喷烟。
日光国立公园--主要景点集中在枥木县。境内有落差达99米的华严瀑布，为日本三大瀑布之一。其他还有雾降瀑布等有名的瀑布;中禅寺湖，是日光的又一个著名景点，是日本具有代表性的高山湖泊，为夏天垂钓、秋季赏枫的名所。东照宫融和了神社和佛寺的特点，也很值得一看。而公园西部的尾濑风景区则位于群马、福岛和新泻三县交界处，是日本著名的沼泽地带，春天繁花似锦，夏天草色青青，秋天天高云淡。那须高原，是有名的避暑胜地。富士箱根伊豆国立公园--位于东京、神奈川、山梨和静冈一都三县的交界处。内有日本最高峰富士山和山脚下倒映着富士雄姿的富士五湖;伊豆半岛美丽的海岸和壮丽的太平洋风景，一年四季都吸引着无数的游人。离东京最近的箱根，更是一个散策、登高、赏枫的好地方。公园中有很多著名温泉，如土肥温泉、修善寺温泉和天城温泉等。
富士山--位于山梨和静冈两县交界处，为日本最高峰。和樱花一样，是日本的象征。自古以来作为圣山受到日本人的敬仰。除冬季以外，登山的人络绎不绝。中部地区中部山岳国立公园--主要景区集中在福山县，还有一部分在长野县、新泻县和岐阜县。其中拥有众多3千多米高峰的立山最为著名。黑部峡谷是日本最深的大峡谷，景色壮观。可乘迷你电车游览。关西地区和歌山县的和歌之浦--是日本最美丽的海岸风景之一。纪伊半岛上有洁白的沙滩和奇形怪状的礁石以及落差为日本最大的那智之泷瀑布。
山阴海岸国立公园--位于京都、兵库和鸟取之间，最著名的景点是鸟取沙丘和浦富海岸。东西长16公里，南北宽2公里的鸟取沙丘为日本最大，也是观朝日赏夕阳的最佳场所。浦富海岸，因其有白色的海滩和苍翠的松柏而被称为"山阴的松岛"。
宫岛--正式的名称为"严岛"，位于广岛境内的濑户内海上，是日本三景之一。有建在海上的神社，岛上有以红叶著名的红叶谷公园和可登高远眺的弥山。阿苏九重国立公园--位于熊本县和大分县之间。有由活火山和死火山构成的九重山和世界上最大的火山口，火山口中常常浓烟滚滚。九重山麓是丰饶的牧场。
冲绳海岸国定公园--是游泳、潜水、垂钓和进行其他海上运动的乐园。这一海域的海水因水深不同而呈现出不同的颜色。著名的海滩有可进行各种海上运动的月亮海滩、拥有各种娱乐设施的万座海滩和沙色洁白、珊瑚瑰丽的奥间海滩
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