万松书院历史
创建初期，万松书院规模较大，主体建筑布局沿用官学“左庙右学”的形制。左边近山处有孔子殿。孔子殿系原报恩寺建筑，三开间，经修葺后焕然一新，是书院的祭祀场所。殿前有颜乐亭。高处建留月台和掬湖台。孔子殿右边，前有万松门，后有明道堂。堂为五开间，宽绰宏敞，为先生“讲明经义”的课堂。西廊两侧各有斋室五间，是师生们自习之所。
初期，万松书院内部的组织机构相对简单，招收童生、监生、举人三类生徒；聘用博学鸿儒为山长、品学兼优的贤士为教授；初步建立书院的学规和章程。
明代万松书院
经过创办初期的摸索和实践，明代万松书院在不断扩建与重修中逐渐成为江浙一带颇具影响力的知名书院。
正德十六年（1521），侍御巡抚唐凤仪等人主持了万松书院历史上第一次重大维修：增建石坊两座，整修加固原有建筑，扩建学生斋舍。重修后，书院规模宏大，一时成为杭州最大的书院。嘉靖四年（1525），在侍御潘景哲的倡导下，万松书院扩建楼居斋舍共36楹，添置祭田若干，又完备祭祀器具等，招收省内外优秀学子逾百名。嘉靖九年（1530），浙江左布政使顾璘等人开山辟路，集资兴建振衣等三亭，使石林成为书院一景。其后，万松书院因由官员创办，又深受王阳明“心学”影响，而遭受统治者的沉重打击。嘉靖三十三年（1554），杭州知府孙孟在废墟中重建万松书院，恢复明伦堂等主体建筑，并增建居仁、由义两斋。明万历年间，阁臣张居正废毁天下书院。幸而在大学士徐阶的支持下，浙江巡抚谢师启、提学佥事乔因以“万松书院祀先圣，不当概毁”为由，再三乞请，终使万松书院逃过一劫，为此改称为“先贤祠”，虽名亡而实存。崇祯五至六年（1632--1633）间，终于在战乱中被毁。
《明史》记载，正德、嘉靖之际，学者们“聚讲会，立书院，相望于远近”。当时，讲学之风在各书院中盛行一时。万松书院也因深受访问学者王守仁“心学”理论的影响，在办学上重视“讲明义理”，主张学术争辩和交流；重视自学，提倡独立研讨，培养学生独立的治学能力；在德业上提倡相帮相扶，相推相引，“使之日进而高明光大”。课程的设置较为简约，学生可以自由选课，“以充所善，养其所长”，充分发挥学生的特长和兴趣；反对以追求功名利禄为目的的学习，提倡“探性理之要，询治道之源”的求真务实的学风。至万历初年，统治阶级又重提程朱“居敬穷理”的思想理论，而将王守仁的理论斥为“伪学盗名”，为迎合统治者，巡盐御史马应梦增建继道堂和穷理、居敬二斋。 万松书院明末，书院渐被政府控制。在科举制度的支配下，学生的学习目的只是为了通过参加科举考试，然后挣个官位，光宗耀祖罢了。
万历初，孔子殿增祀周敦颐、程颢、程颐、张载、朱熹五子像，祭祀活动由西安博士署派来的一名执事官主持。
明代统治者对于书院教育的政策经常变化，致使书院时兴时废。从嘉靖起，在朝廷的支持下，前后竟有五次废毁书院的举动。因此，自正德十六年（1521）至崇祯六年（1633）的百余年中，万松书院随着变幻莫测的政治风云，跌宕起伏，经历了它荣辱盛衰的变迁。
清代万松书院
清初，统治者惟恐书院讲学活动会导致明朝遗民反清思想的高涨，故抑制书院教育的发展。顺治九年宣谕：“不许别立书院，群聚结党”。因此，清初的前八十年中各地书院始终处于停滞状态。万松书院也仅在顺治年间复建了孔氏祠堂。康熙十年（1671），浙江巡抚范承谟重建万松书院，并改名为“太和书院”，书院才开始复苏。及至康、雍、乾时期，统治者对书院教育由禁止转为提倡后，万松书院得以迅速发展，逐渐进入昌盛时期。
清中叶，万松书院经康熙三十一年（1692）、康熙五十五年（1716）及雍正四年（1726）的三次重修后，规模进一步扩大。又经嘉庆、道光两次修建后，更具名校风采。
这一时期，清政府对万松书院的支持也是空前的。清康熙五十五年（1716），圣祖玄烨御赐“浙水敷文” 额，并赐《古文渊鉴》、《渊鉴类函》、《周易折中》、《朱子全书》等典籍予万松书院，浙江巡抚徐元梦建存诚阁收藏，书院也由此更名为“敷文书院”。雍正十一年（1733），万松书院被敕为省城书院，赐银一千两“以资膏火”。乾隆十六年（1751）三月，高宗弘历初次巡临万松书院，赐“湖山萃秀” 额，并增赐帑金一千两白银。并赐英武殿所刊《十三经》、《二十二史》各1部。当时享有这一殊荣的仅有江宁钟山书院、苏州紫阳书院。此后，弘历五次下江南又五次巡临，对万松书院格外重视。
同时，万松书院愈加重视祭祀活动，一直由孔氏嫡系子孙主持。每年举行春秋两季大祭，每月朔、望日也要拜谒先圣贤哲。祭田祭器经乡绅捐置及政府拨给后，也更充裕了。如监驿道黄炳捐置学田，雍正十一年（1733）程元章增置学田，乾隆年间添置大量圣殿礼器。书院的藏书在这一时期亦达到了最富，藏书逾万册。除沿用初期的教学宗旨和学规外，又增设了《孝廉月课 万松书院章程--计开条议章程》，使书院的学规和章程更趋完备。设立严格的考课制度，额定官课、馆课每课的正取、次取及附取名额，以激励学生。至清末，按学生成绩优劣又分超等、特等、一等三个级次，按不同的等级给予不同的奖励。书院内部构架更趋完善，山长一般由官府委派或士绅公推德高望重的著名学者担任，如齐召南、金甡、潘德园等；聘请进士出身且立品勤学的名仕担任书院教授，如杨绳武、赵石函等；还聘请一些著名学者，如岳麓书院山长万年茂，以及金志章、阮芝生、厉鹗、戴熙等来书院访问讲学。各地学子纷纷慕名而来，“讲席造士甚众”，书院名盛一时，且培养了大批诸如袁枚、祝德麟这样优秀的学生。
清统治者对于书院教育的态度虽然有所转变，但实际上，他们纳书院于官学的轨道，将自由讲学改成时文（八股文）训练，与官学一样，完全成了科举的附庸，已完全改变了书院传经讲学的初衷。
现代万松书院
1999年起，在原杭州市副市长马时雍先生等热心于杭州历史文化遗产保护的社会各界人士的呼吁下，杭州市政府决定依据史料记载和留存的遗迹，按照修旧如旧的原则，在遗址上按明式旧制重建万松书院。经过杭州市园林文物局凤凰山管理处历经3年多时间的整修和建设，于2002年10月建成并向游人开放。至此，沉寂了一个多世纪、几近荒圮的万松书院终又重现500年前的“名校”风采。重建后的万松书院，占地约6万平方米，是西湖周围惟一以书院文化为主体的文化公园。书院的主体建筑以清乾隆《南巡胜迹图》中的《敷文书院》为蓝本，以自然山体、林木、古藤、奇石为背景，采用中轴对称、纵深多进的院落形式，仿明式建筑形制，用粉墙、粟柱、黛瓦的素朴淡雅，凸现“求之于心而无假以雕饰”的风格，使书院处处散发浓浓的书卷气息。院内有建筑1600平方米，主体建筑如品字型牌坊、仰圣门、毓粹门、明道堂、大成殿、“万世师表”平台等都集中在中轴线上，学斋、御碑亭等分列两侧，其他的亭台楼阁则依据自然山势，星罗点缀。书院内嘉花茂树，修篁奇石，交布其间，周围苍松掩映，小溪潺潺，遥可望雷峰夕照、宝石流霞，近可听松涛泉流、虫鸟和韵。院内尚有浙江省省级文物保护单位于子三墓、杭州市市级文物保护单位万松书院遗址、小九华山石刻等文物古迹，文化底蕴深厚，文化氛围浓郁。
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