民国时期，南京拥有国立中央大学、私立金陵大学、私立金陵女子大学、私立金陵女子文理学院、国立药学专科学校、国立戏剧专科学校六所全国著名的高等学府。经过1952年的院系调整及数十年发展，截至2006年，在南京的普通高等学校共有41所，在校本专科学生55.71万人，在校研究生6.37万人。南京拥有985院校2所：南京大学、东南大学其中被列入“211工程”的国家重点建设的高等院校有8所南京大学、东南大学、河海大学、南京理工大学、南京航空航天大学、南京农业大学、南京师范大学、中国药科大学，其中：南京大学、东南大学、河海大学、南京农业大学、中国药科大学为教育部直属高校，南京理工大学、南京航空航天大学为国家工业和信息化产业部直属高校。
公办本科
1．南京大学
2．东南大学
3．河海大学
4．南京师范大学
5．南京农业大学
6．南京理工大学
7．南京航空航天大学
8．中国药科大学
9．南京邮电大学
10．南京财经大学
11．南京医科大学
12．南京中医药大学
13．南京艺术学院
14．南京体育学院
15．南京工业大学
16．南京信息工程大学
17．南京审计学院
19．南京工程学院
20．南京晓庄学院
21．金陵科技学院
22．江苏警官学院
23．南京森林警察学院
科研院所
中国石化南京石油物探研究所、中国科学院南京分院、国网电力科学研究院（原国家电网总公司南京自动化研究院）、南京水利科学研究院、环保部南京环境科学研究所、国电科学技术研究院、农业部农业机械化研究所、南京地质矿产研究所、中华供销总社南京野生植物综合利用研究所、中国林科院南京林产化学研究院、中国医学科学院皮肤病研究所、南京水泥工业研究所、中煤国际工程集团南京设计研究院、煤炭科学研究总院
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