京九铁路纵贯境内，与漯阜、睢阜、淮阜、商阜铁路一起，使阜阳成为五路交汇、八线引入的全国六大路网性铁路枢纽之一，阜阳编组站是京九线上最大的编组站，连接东西南北，形成了阜阳这个中国铁路新枢纽，阜阳被誉为大京九枢纽城市，年客流量达300多万人次，尤其是春节期间客运压力最大。
阜阳站
阜阳站址在安徽省阜阳市颍东区，邮政编码236021。建于1971年。隶属上海铁路局管辖，现为一等站。2008年1月29日，阜阳客站改扩建工程完成，形成5个站台、9条到发线格局，运能扩大80%；大气的无站台柱风雨棚更使其在全国地市级车站中首屈一指九线上的一颗璀璨的明珠。如今，阜阳站每日通过固定列车约50对，最高每日通过旅客列车100余对，年发送旅客约900万人，春运发送旅客均超过150万人，2010年春运期间，最高日发送旅客达到10.6万人次。2011年春运共发送旅客175万人次。
阜阳北站
阜阳北站在安徽省阜阳市周棚镇，邮政编码236134。建于1989年，现为一等站。不办理客运及行李、包裹托运。仅办理专用线、专用铁道整车货物发到。阜阳北站是阜阳铁路枢纽中的主要编组站之一，是中国十大铁路编组站之一。
颍南货运站
站址在安徽省阜阳市十二里庙乡，邮政编码236111。建于1996年。2008年阜阳站扩能改造完成后，原阜阳站的货运功能移至颍南站，经过国家投资4000万元升级改造，这里变成了一个占地80多亩、辐射周边60公里、年货物吞吐量300万吨的现代化货运站
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